1912年,北京两位著名的主教马良(项伯)和华英(廉之)上书罗马教廷,建议在中国创办一所教会大学。不久,第一次世界大战爆发,办学被搁置。1919年,教廷重新考虑此事,多次派人到中国了解中国的教育情况,并与英敛之等人商讨办大学事宜。最后,教廷决定委托美国教会组织本笃会处理办学事宜。1923年8月,美国本笃会召开会议,决定由美国宾夕法尼亚州圣文森特学院院长全权负责此事。1925年,斯太尔派本笃会牧师Authour到中国筹备一所官办大学,并成为校长。与英敛之、Authour共同策划,以16万元的租金租下北京李广桥西大街前清仔的淘贝乐屋。经过改造,聘请了教师,购置了设备,同年8月开学的准备工作已经就绪。
大学班招生前,决定开设国学专业课,招收一班大学预科生,两年毕业,作为进入大学的预科。这时,学校的名称决定沿用英敛之在象山开办的社团——辅仁社的名称,英敛之被正式任命为会长。1925年10月,辅仁社招收了一个班的23名学生,他们都来自各种教会系统,并开始上课。
1926年1月英敛之逝世,辅仁社校务由陈垣继任。他积极筹划创办大学事务,同年夏天,准备招收大学生。根据当时教育部私立学校条例,新大学定名为辅仁大学。成立了董事会,奥图尔任校长,陈元任副校长。一是成立文科系,分历史、语文、英语三个系,招收第二届预科生。
1927年6月,学校报请教育部认可,教育部派员检查批准试行。
1929年6月,按照南京政府教育部颁布的大学组织法,学校增设了科学教育学院,连同原文科改革学院,设三个学院十二个系,另设医学预科和美术专业。同时,根据行政主管部门关于外国人不得担任中国某大学校长的规定,该大学改组了董事会,选举陈元为校长,Authour为校长。同年,预科被取消,改为附属中学。
1933年,本笃会财政困难,教廷派美国和德国的圣言会接管学校。1934年后,学校继续扩大基本建设。1937年3月,购买原恭王府作为校区,6月开办文理两所。
1937年卢沟桥事变后,辅仁大学没有南迁,因为是教会办的。9月,文学院、教育学院和理学院数学与科学系招收了女生。旧校址的东部作为女校舍,由圣灵修女管理,建立了牧师学院和物理研究所。1939年增设家政学系。1941年理学院增设化学系和生物系,仍附设医学预科。1942年太平洋战争爆发后,燕京、谢赫等学校停办,辅仁大学因有德国教会支持而未受影响。同年增加日语系和西方语言文学系德语组,美术专业改为美术系。1943年,社会经济系分为社会学系和经济学系。同年,教育学院教育系设立附属小学和幼儿园,作为教育系的实习基地。至此,辅仁大学拥有了从研究所、大学、中学到小学、幼儿园的完整教育体系。1944年,文学院增设人类学系。
抗战时期,由于北平的大学大部分南移,很多学生不愿意去日伪办的大学,踊跃报考辅仁大学,扩大了规模。1945年抗日战争胜利后,日伪时期被捕的师生和去大后方的教师陆续返校。学校实力进一步加强。同年9月,日语系被撤销。1946年9月,增设农学系。到1947年底,学校共有4个学院、13个系、6个研究所,学生约2400人。
中华人民共和国成立后,辅仁大学留在北京。1950年10月,根据人民政府的决定,教育部接管辅仁大学,改为公办,任命陈元为校长。1952年,中国高校院系调整,辅仁大学并入北京师范大学。
1956年,省辅仁大学部分校友成立“校友会”,呼吁恢复省辅仁大学。1961年,辅仁大学文学院哲学研究所招收了8名第一届研究生,标志着辅仁大学在省重新开放。现位于新北市新庄区,有12所学院、附属医院和数所博物馆、图书馆、研究所,是省主要综合性大学之一。